la troncatrice che tu dici è da banco tipo tagliacornici, o una sega circolare portatile?
Quest'ultima se usata bene garantisce tagli migliori del seghetto alternativo, è già, il punto cruciale per questo lavoro sono proprio i tagli!
dovranno essere il + posibile dritti a cominciare da quelli in figura 1
[img=http://img707.imageshack.us/img707/6600/42486604.th.jpg]
se preferisci questi primi 3 tagli li puoi fare lasciandoti un po' di margine e "rettificandoli" poi con carta vetrata e tampone o con una piccola levigatrice palmare, a questo punto sarai pronto per togliere i cm. che ti servono alle traverse come in figura 2
[img=http://img31.imageshack.us/img31/4832/52596396.th.jpg]
ora probabilmente troverai "la sorpresa" nel punto dove hai tagliato avrai qualcosa come 2 listelli con incollati 2 fogli di compensato con in mezzo il nido d'ape di cui parlava ichnos, mentre sul verticale, seesndo tagliato sulla giuntura originale, probabilmente avrai del materiale pieno, ora dovrai riempire il vuoto delle traverse con dei pezzi di legno tagliati a misura, incollati all'interno, e che vadano almeno 30 mm dentro.
Anche qui rinnovo l'invito a tenerti un po' largo dai segni, li raggiungerai in maniera + precisa con la carta vetrata che col seghetto, lo so ci vuole olio di gomito, ma quest' ultimo è l'attrezzo + importante!

a questo punto presenta le 2 parti, vedi se combaciano in tutti e 3 i punti, altrimenti rimetti mano alla carta vetrata finchè non copiano al meglio (occhio a non andare soto misura!)
A questo punto sei pronto per la spinatura, qui potrebbe tornarti utile un qualche attrezzo che ti faccia da guida e battuta per il trapano, li trovi in qualsiasi brico, attrezzetti buoni partono da 20-30 euri in su, ti consiglierei di mettere un paio di spine da 8 mm sulle traverse media e superiore e 3 su quella inferiore, le quali dovranno entrare circa 20 mm sia da una parte che dall'altra.
Ora divresti essere pronto per il rimontaggio come in figura 3
[img=http://img37.imageshack.us/img37/1746/71941000.th.jpg]
usa colla vinilica, lon lesinare sulla quantità, quella che uscirà fuori a colpi di mazzuolo la toglierai facilmente con un panno umido appena uscita!
per il rimontaggio dei pannelli invece, aspetta che sia finita la struttura della porta, poi procedi come hai gia scritto tu.
se avrai fatto tutto nel migliore dei modi forse potrai anche fare a meno dello stucco, nel migliore dei casi sarà ti basterà usare i bastoncini di cera per legno e dare una "pareggiata" con della cera in crema.
se poi qualcosa dovesse andare storto e dovesse servirti di fare grosse stuccature o riverniciare, ne riparleremo a tempo debito!
Buon lavoro e BUON ANNO!